猪RXRB基因SNPs检测及其与生长育肥和繁殖性状的关联分析

摘要

旨在研究猪RXRB基因多态性位点,并筛选与猪生长育肥和繁殖性状显著相关的SNPs,为种猪的遗传改良提供新的遗传标记位点.本研究通过采集962头健康大白猪(美系大白459头,法系大白503头)的血液DNA,利用直接测序法和PCR-RFLP技术分别检测两个品系大白猪RXRB基因SNP位点,并进行遗传多态性分析.利用SAS8.0软件中的混合线性模型(Mixed)对RXRB基因SNP位点与表型性状值进行关联分析.利用Haplov-iew4.2软件对RXRB基因SNP位点进行连锁不平衡分析.结果显示,在两个品系大白猪群中共检测到10个SNPs,其中,美系大白有5个SNPs,法系大白有5个SNPs.经X2适合性检验,该10个SNPs在大白猪群体中均处于 Hardy-Weinberg 平衡状态(P＞0.05).关联分析结果表明,rs340542491、rs330162688和 rs326226767与达100 kg体重日龄达到显著相关(P＜0.05);rs340542491、rs330162688、rs336609453和 rs332169586与活体背膘厚达到显著相关(P＜0.05);rs340542491、rs325538588、rs691889709和 rs323107853与初生重达到显著相关(P＜0.05);在体长中,仅rs324141460的GA基因型个体显著大于GG基因型(P＜0.05);rs325538588和rs80789331与眼肌面积达到显著相关(P＜0.05);在乳头数中,rs340542491和rs330162688与左乳头数达到极显著相关(P＜0.01),rs324141460与左、右乳头数达到极显著相关(P＜0.01),rs336609453和rs332169586与右乳头数达到显著相关(P＜0.05).连锁不平衡分析结果显示,在美系大白中,rs326226767-rs325538588处于强连锁不平衡状态(D'= 0.96,r2=0.91＞0.33),rs330162688-rs324141460处于完全连锁状态(D'= 1),rs324141460-rs340542491 处于完全连锁状态(D'= 1),单倍型组合关联分析结果与单个SNP关联分析结果一致,单倍型组合与达100 kg体重日龄、活体背膘厚、初生重和乳头数等性状存在极显著(P＜0.01)或显著(P＜0.05)相关;在法系大白中,rs691889709-rs323107853处于完美连锁状态(D'= 1,r2 = 1),单倍型组合关联分析结果显示,单倍型组合与体长和乳头数达到极显著(P＜0.01)或显著(P＜0.05)相关.以上结果提示,RXRB基因内的10个SNPs可以作为猪育种改良的分子标记,同时对深入研究该基因功能具有一定的参考意义.