miRNA-148a-3p的生物信息学分析及其在小鼠不同组织中的表达水平检测

摘要

旨在研究小鼠不同组织中miR-148a-3p的表达情况,并对其进行生物信息学分析,构建miR-148a-3p基因相关网络,进一步阐明其在机体中的作用。本研究以6周龄雄性C57BL/6 J小鼠胃、肺、脾、皮肤、肝、心和肾7个组织为研究材料,每组3个重复,进行3次平行试验。利用qRT-PCR技术比较小鼠不同组织中miR-148a-3p的表达水平。在miBase上对miR-148a-3p在不同物种间的保守性进行分析,并通过Promoter Scan和TRANSFAC预测其转录因子结合位点。利用TargetScan、PicTar和miRanda预测miR-148a-3p的靶基因并取交集,并进行GO和KEGG分析。利用Cytoscape构建TF-miRNA-mRNA互作网络。qRT-PCR结果显示,在所有组织中,miR-148a-3p在脾中的表达水平最高(P<0.001),肝次之(P<0.001),在皮肤、胃、心、肾、肺中的表达水平逐渐降低。经预测bata-pol、CREB、E4F1、NF-S等多个转录因子可以与miR-148a-3p结合并调控其表达。GO富集和KEGG通路分析表明,miR-148a-3p的靶基因主要参与离子转运、乙酰胆碱激活的阳离子选择性通道活性、构成细胞质膜等功能;并参与TGF-β、肥厚性心肌病和黏附连接等通路。由70个点和70条边构成了TF-miRNA-mRNA互作网络,包含5个转录因子和63个mRNAs。结果表明,miR-148a-3p在小鼠脾组织中高表达且受到多种转录因子调控,与癌症发展密切相关。