里氏木霉基因组密码子偏好性研究

摘要

在不同物种中,密码子偏好性存在一定程度的差异。为了研究纤维素酶主要工业生产菌株——里氏木霉(Trichoderma reesei)基因组密码子的偏好性,对里氏木霉9352个基因的编码区进行密码子分析。结果显示,里氏木霉97%的基因GC含量为50%~68%,GC3的平均含量为70.4%。中性分析与ENC-plot分析表明,里氏木霉密码子的使用主要受选择压力的影响。相关性分析结果显示,基因组GC含量与GC1、GC2和GC3显著相关(P<0.05),有效密码子数与GC3显著相关(P<0.05)。此外,在里氏木霉使用频率较高的24个密码子中,有22个均是以GC结尾的。进一步确定了21个高表达优越密码子和4个高表达最优密码子(CUC、GCC、CGC和GGC)。里氏木霉与长梗木霉、粗糙脉孢霉在密码子使用频率上差异较小,与酿酒酵母的差异相对较大。本研究为里氏木霉中的密码子优化提供了理论依据,对开发高效的里氏木霉基因表达宿主以及开发里氏木霉作为合成生物学基盘细胞具有重要的意义。