基于NS5B区核酸序列同源性的HCV基因分型方法

摘要

建立一种确定HCV基因型的分析方法，使之既能满足临床诊断的需要，又适应于HCV分子流行病学的调查。以聚合酶链式反应(PCR)技术扩增HCV NS5B区部分片段(375bp)，并对扩增产物进行TA克隆测序，采用DNAStar等软件对所得序列进行进化树分析，并与已有的5’NCR区分型结果进行比较。我们对15个来自HCV感染者的血浆样品进行检测，均可确定其基因型和亚型，其中有lb亚型(n=3，i.e.20％)，3a亚型(n=7，i.e.46.67％)，3b亚型(n=4，i.e.26.67％)，6d亚型(n=1，i.e.6.67％)。该结果与5’NCR区分型结果基本一致，不论是基于5’NcR区还是基于Ns5B区的测序分型都是简便、可靠的方法，但是对分子流行病学而言，基因亚型的分析有助于确定HCV的传播途径，因此基于NS5B区的测序分型在分子流行病学的研究中更具优势。