基因组大小

摘要： A型流感病毒(Influenza A virus,IAV)是一种具有包膜的、基因组分节段的负链RNA病毒,基因组大小约为14 kb。IAV基因组由8个RNA节段组成,大小从890个碱基到2 341个碱基不等,可编码最多14种蛋白:血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、聚合酶蛋白(PA、PB1和PB2)、核蛋白(NP)、基质蛋白(M1)、离子通道蛋白(M2)和非结构蛋白(NS1、NS2、PA-X和PB2-F2)^([1])。

摘要： 植物核DNA含量(2C-值)与倍性水平是重要的植物学基本特征,是进行种群进化、物种分类和生态学等研究的有力证据。为确定中国吊钟花属(Enkianthus Lour.)各物种的核DNA含量与倍性水平并探究该属植物在种间、种内核DNA含量差异,该研究以6种中国吊钟花属植物共23个居群60个样品为试验材料,以水稻品种‘日本晴’(Oryza sativa spp.japonica‘Nipponbare’)为内部参照,利用流式细胞术检测该属植物核DNA含量。进而以二倍体植物齿缘吊钟花(Enkianthus serrulatus)为倍性参照推测其他种的染色体倍性,并采用染色体压片计数法验证倍性的准确性。结果表明:(1)该属植物核DNA含量介于1.77~5.62 pg之间。(2)吊钟花组4个种——吊钟花(E.quinqueflorus)、齿缘吊钟花、晚花吊钟花(E.serotinus)、台湾吊钟花(E.perulatus)均为二倍体(2n=2x=22);总状花序组2个种——灯笼树(E.chinensis)和毛叶吊钟花(E.deflexus)均存在四倍体和六倍体。(3)该属二倍体植物核DNA含量在种间、种内存在显著性差异(P0.05)。该研究为吊钟花属系统发育、生物地理、引种驯化、遗传育种等研究奠定了基础。

摘要： 大球盖菇(Stropharia rugosoannulata)是一种营养丰富、口味鲜美的食用菌,也是极具开发潜力的药用真菌。为了深入对金黄色大球盖菇的子实体发育、颜色调控等遗传机理开展研究,为金黄色大球盖菇基因组的精细图谱、分子育种等研究打下基础,采用第二代高通量测序技术对金黄色大球盖菇品种“中菌金球盖1号”开展全基因组Survey分析。结果表明,金黄色大球盖菇品种“中菌金球盖1号”的基因组大小约为55.20 Mb,测序深度为140×,杂合率为0.80%,(G+C)含量为47.25%;基因组初步组装后,得到25802条重叠群(Contigs),Contig N50为14.923 Kb。该研究结果对于开展金黄色大球盖菇的颜色调控等遗传机理研究具有重要意义,同时为金黄色大球盖菇下一步的基因组精细图谱的构建和分子育种提供依据。

摘要： 太行菊(Opisthopappus taihangensis)、长裂太行菊(O.longilobus),为太行山特有多年生崖壁草本植物,菊科(Compositae)重要野生资源,具有较高的经济与生态价值。为确定适合两物种的全基因组测序策略,该研究利用流式细胞法和高通量测序技术,分析两物种基因组大小、杂合率、重复序列及GC含量等信息。结果表明:(1)流式细胞法估算太行菊基因组大小约为2.1 Gb,长裂太行菊基因组大小约为2.4 Gb。(2)高通量测序修正后太行菊基因组大小为3.13 Gb,重复序列比例为84.35%,杂合度为0.99%,GC含量为36.56%;长裂太行菊基因组为3.18 Gb,重复序列比例为83.83%,杂合度为1.17%,GC含量为36.62%。(3)初步组装后GC含量分布及平均深度存在异常,出现分层现象,可能是两物种基因组杂合率较高所致。综上结果表明,太行菊、长裂太行菊均属于高重复、高杂合、大基因组的复杂基因组,建议使用Illumina+PacBio测序组装策略,进行全基因组测序分析。

摘要： 2022年8月3日,我刊编委、浙江大学农业与生物技术学院昆虫科学研究所李飞教授团队在iScience在线发表了题为“Transposons and non-coding regions drive the intrafamily differences of genome size in insects”(https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.104873)的研究论文。该研究系统地解析了现有昆虫纲基因组大小的变化规律和进化模式,研究结果对深入理解物种基因组大小的进化有着重要的意义。该研究收集和整理了1 326种昆虫的基因组大小数据,涵盖21目、155科、700属。结果显示,昆虫纲的祖先基因组大小约为1 Gb,绝大多数现代昆虫经历了较为频繁的基因组收缩与扩张,导致基因组大小发生了明显的变化。进化上更为高级的完全变态昆虫的基因组大小显著小于不完全变态昆虫。总体上,昆虫基因组大小的变化属于进化适应模型,现代昆虫基因组的大小是适应环境选择压力的进化结果。部分亲缘关系相近的昆虫的基因组大小差异较大。

摘要： 近日,上海海洋大学水产与生命学院王成辉教授团队,联合学院李晨虹教授、德国波茨坦大学Michael Hofreiter教授、美国内布拉斯加大学奥马哈分校吕国庆教授等研究人员,利用第三代测序技术结合BioNano光学图谱和Hi-C高通量染色体构象捕获技术进行了长江水系中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)的全基因组测序和组装,获得了染色体水平的精细基因组图谱。组装的中华绒螯蟹基因组大小为1.67 Gb,覆盖其基因组大小的94.4%(1.77 Gb),其中Scaffold N50为16.98 Mb,Contig N50为717.3 kb,共鉴定出20286个蛋白编码基因。

摘要： 栽培花生是异源四倍体,其遗传背景相对狭窄。花生野生种遗传多样性丰富,利用野生种优异的基因资源是花生遗传改良和突破性品种培育的重要途径。然而,花生野生资源遗传多样性和基因组方面的研究相对滞后,制约了其在花生遗传改良中的应用。本研究利用SSR标记对9个野生近缘种和1个栽培种进行遗传多样性分析和聚类分析,共检测到33个变异位点,变幅为3~6个,平均每个标记4.7个;同时,利用流式细胞仪对4个未知基因组大小的野生花生进行测定,结果显示,A.duranensis(PI sesn2848)、A.cardenasis(PI 262141)、A.batizocoi(Grif15032)、A.monticola(PI 468199)的基因组大小分别为1.26、1.61、1.25、2.78 Gb。本研究结果可为野生花生的鉴定和评价、基因组测序、重要性状的遗传解析及在育种中的应用提供了参考。

摘要： 为揭示白边侧足海天牛基因组的信息,以便为后续构建全基因组精细图谱提供基础,利用流式细胞术与高通量测序技术对白边侧足海天牛全基因组进行了Survey分析。结果表明,流式细胞术预测白边侧足海天牛基因组是84K杨的1.69倍,约为794.6 Mb。白边侧足海天牛高通量测序得到25 Gb的过滤数据,总测序深度约为30 x,根据17-mer分析,预测海天牛基因组大小约为724.8 Mb,基因组重复率为52.8%,杂合度为1.55%,模型拟合值为99.38%;根据19-mer分析,预测海天牛基因组大小约为730.8 Mb,基因组重复率为35.1%,杂合度为1.68%,模型拟合值为99.72%。最后,对白边侧足海天牛尝试初步组装后得到总长为628Mb的基因组。研究结果显示,白边侧足海天牛是一个高度杂合的物种,且其基因组大小超过700 Mb。

摘要： 爪耳木是滨海地区较理想的造林树种,具有一定的药用和经济价值。为保护爪耳木和开展爪耳木基因组学研究,利用流式细胞术对爪耳木进行染色体倍性测定和基因组大小评估。结果表明:爪耳木为二倍体植物,基因组大小约为921.11 Mb。

摘要： 圆环病毒是一类无囊膜单链环状DNA病毒,属于圆环病毒科,包括圆圈病毒属、圆环病毒属。鸭圆环病毒(DuCV)目前被列为圆环病毒属的暂定种,DuCV无囊膜,呈二十面体对称,直径为14~17nm,基因组大小为2kb。感染DuCV的病鸭在临床上表现为发育迟缓、体重减轻及羽毛杂乱等。从病理学分析,感染DuCV鸭的免疫组织受损,导致淋巴细胞萎缩、凋亡甚至坏死等,从而让鸭免疫力降低.

摘要： 木本竹种主要有温带木本竹种和热带木本竹种两种类型,这些竹种在染色体数目和倍性差异上很大.本研究利用流式细胞仪分析了在中国分布的135个不同竹种的DNA含量,同时利用45S rDNA对部分竹种进行了定位分析,结合前人发表的在中国分布的33个属约80个竹种染色体核型数据,系统调查了在处在不同进化地位的竹种在染色体数目和基因组大小对应关系.基因组大小测定结果表明,温带木本竹种总体上大于热带木本竹种,在整个被子植物中,竹类植物基因组属于比较大的类型.核型分析结果表明,温带木本竹种的平均臂比及平均核型不对称系数显著小于热带木本竹种,即在核型对称性方面,温带木本竹种比热带木本竹种表现出更加对称,据此推断,在系统进化地位上,温带木本竹种处于比较原始的地位,而热带木本竹种则处于比较进化的地位.45S rDNA在温带和热带竹种上的分布结果表明,热带木本竹种可能是多系统来源.

摘要： 作为"人类基因组计划"的一部分,微生物基因组的研究突飞猛进,许多重要的微生物的测序工作已完成或接近完成.微生物基因组的研究目前主要集中在致病微生物和重要的模式生物上,随着研究的深入开展,更多的微生物的基因组的研究将提上历史日程来.国内微生物基因组研究开展相对较晚,但着眼于微生物的巨大应用前景,已有若干微生物的测序工作在进行.维生素C是人体必需的一种维生素,具有广泛的生理作用,在医药工业、食品工业和农业上有重要用途."两步发酵法"是我国独创的生产维生素C的新工艺,迄今为止在世界上仍然处于领先地位.它的特点在第二步发酵即从L-山梨糖到维生素前体-2-酮基-L-古龙酸的转化是由两株细菌混合发酵完成的.氧化葡萄糖酸杆菌SCB329(包括As.1.945,)是"两步发酵法"生产维生素C前体-2-酮基-L-古龙酸的主要产酸菌.将SCB329作为葡萄糖酸杆菌属的模式菌株和重要的工业微生物来开展基因组的研究,具有积极的现实意义和潜在应用价值.收集氧化葡萄糖酸杆菌SCB329的纯培养对数期的菌体,采用凝胶包埋法制备完整染色体,用稀有酶切位点的限制性内切酶和脉冲场电泳技术对SCB329的基因组进行了分析,SepⅠ(5'-ACT AGT)酶切有24个片段,大小从10Kb到320Kb,XbaⅠ(5'-TCT AGA)酶切产生40个片段,大小从4Kb到200Kb,综合两种限制酶酶切片段长度的总和结果,SCB329基因组大小为2700Kb.SCB329基因组由一条2500Kb的染色体和一个245Kb的质粒组成.通过用DNaseⅠ和S1核酸酶处理胶块后跑电泳证实SCB329的染色体和质粒的拓扑学结构均为环状的.本工作为构建SCB329的基因文库规模提供了理论依据.将为深入开展基因组的研究打下良好的基础,并为从分子生物学角度改进维生素C生产工艺提供新的思路.

摘要： 竹类植物种类繁多,不同类型竹种染色体数目差异较大,为了探索不同竹种染色体核型与其基因组大小之间的关系,本研究采用常规压片法及荧光原位杂交技术对茶杆竹和橄榄竹进行了核型分析研究,同时利用流式细胞仪对这两个竹种的基因组大小进行了测定.结果表明茶杆竹和橄榄竹的核型公式分别为:茶杆竹2n=48=16m+26sm+6st,橄榄竹2n=48=20m+24sm+4st,在核型分类上,茶杆竹为3C类型,橄榄竹为2B类型,在进化程度上,茶杆竹比橄榄竹更加进化.荧光原位杂交结果表明,45S rDNA在两个竹种上均只有一对位点存在,说明两个竹种均只有一对随体染色体.基因组大小测定结果表明,茶杆竹基因组略小于橄榄竹.

摘要： 本发明提供一种基因组叠阵组装方法及系统、一种基因组架构组装方法及系统以及一种基因组序列组装方法及系统，属于生物信息技术领域。本发明通过稳健回归技术优化一个全局损失函数来确定测序序列之间的叠落关系，消除假阳性比对的干扰，从而得到更准确的组装叠阵集，避免组装基因组上拷贝数的缺失或者错误拼接；基于回归矩阵计算进行叠阵排列的估计，对异常值的容忍度更高，除非歧义的样本信息数量多于真实样本的数量，不会出现“崩溃”的情形；通过重抽样技术对测序数据进行多次独立地采样、组装、改进、评估，然后整合成最终的组装基因组，可以减少由测序数据中的噪音给组装结果带来的不确定性，降低组装结果对组装参数选择的敏感性。

摘要： 使用来自肿瘤样品和匹配的正常样品的DNA测序数据确定SNV，从而进行改进准确性的基于SNV的基因测试，并且使用来自肿瘤样品的RNA测序数据来确定如此鉴定的SNV的表达。

摘要： 提供来自新型的基因型1b的HCV的、自主复制能力优异的亚基因组复制子RNA(核酸)、以及自主复制能力和感染性HCV颗粒产生能力优异的全基因组复制子RNA(核酸)。特别是，提供来自从急性重症丙型肝炎患者体内分离的新型的基因型1b的HCV即NC1株的HCV基因组的亚基因组复制子RNA(核酸)和全基因组复制子RNA(核酸)。

摘要： 本申请提供了一种使宏基因组文库片段大小集中的文库构建方法，所述方法使用优化的酶切消化法搭配反应增强液来构建文库体系，具有样本兼容性高和体系稳定性好等优势，能够提高文库定量准确性，提高混样均一性和数据均一性。

摘要： 本发明属于电光特性技术领域，公开了一种商陆基因组大小估计方法及基因组大小测量系统，包括制备装片；观察使用Leica DME显微镜，拍照数码相机微距模式，拍照，编号；选取细胞标准，染色体数目完整，染色体清晰，单色彩像素密度不超过250，染色体重叠区面积不超过5％；测量选取绿色光通道，对每一条染色体进行分割；再用驱除噪声工具减少误选；对所有分割后的染色体，使用选取目标工具，使计算机记录所有选中目标；计算包括积分光密度在内的所有有关数值，导出结果excel表格，保存分割后的图像结果；每个种都测量20张满足标准的照片；同时，在同一张图片上选取染色体周围的狭小区域进行同样分割，导出本底光密度表格。

摘要： 本发明公开一种适用于单细胞真核藻类基因组大小的测定方法。本发明基于单细胞真核藻类的特性，优化了细胞核的提取与染色方法，获得了较为准确的流式细胞分析结果，并与高通量二代illumina测序技术相结合，综合评估藻细胞的基因组大小，明确基因组的特征。该技术方法优化了传统植物流式细胞分析，利用甲醇去除了藻细胞色素和细胞壁的干扰，大大的提高了PI的染色效果，提高了流式细胞分析的准确性，同时结合目前较为前沿的高通量测序技术，综合分析了待测物种基因组结构特征，可为后续物种的遗传结构研究和全基因组测序的组装策略的制定提供理论依据。

摘要： 本发明涉及分子遗传与进化研究领域，特别涉及细胞核提取缓冲液及胡椒属植物基因组大小的测定方法。该细胞核提取缓冲液由如下组分组成：40～50mmol/L Tris‑HCl，0.8v/v％～1.5v/v％Triton X‑100，45～50mmol/L NaHSO3，0.3w/v％～0.5w/v％PVP，水补足。本发明采用的细胞核提取缓冲液能测定出40份胡椒属资源的基因组大小，且CV值都控制在误差范围内；而其它细胞核提取缓冲液仅能检测出待测4份种质中的2‑3份，且与本发明采用的细胞核提取缓冲液相比碎片较多、峰较宽。本发明提供的细胞核提取缓冲液解决了胡椒属植物信号峰的检出效率，提高了准确性。

摘要： 本发明属于电光特性技术领域，公开了一种商陆基因组大小估计方法及基因组大小测量系统，包括制备装片；观察使用Leica DME显微镜；拍照数码相机微距模式，拍照，编号；选取细胞标准，染色体数目完整，染色体清晰，单色彩像素密度不超过250，染色体重叠区面积不超过5％；测量选取绿色光通道，对每一条染色体进行分割；再用驱除噪声工具减少误选；对所有分割后的染色体，使用选取目标工具，使计算机记录所有选中目标；计算包括积分光密度在内的所有有关数值，导出结果excel表格，保存分割后的图像结果；每个种都测量20张满足标准的照片；同时，在同一张图片上选取染色体周围的狭小区域进行同样分割，导出本底光密度表格。

摘要： 本发明公开了一种基于基因组大小差异的枸骨性别快速鉴定方法，包括如下步骤：(1)分别采集内参对照样品叶片和待测枸骨样品叶片，细胞核染色后进行流式细胞检测，获得内参对照样品荧光强度和待测枸骨样品荧光强度；(2)按照如下公式计算待测枸骨基因组大小：待测枸骨样品基因组大小＝内参基因组大小×待测枸骨样品荧光强度/内参对照样品荧光强度；(3)对比枸骨雌雄植株基因组大小，实现性别鉴定。通过本发明方法可实现枸骨早期性别鉴定，对加快枸骨育种进程和实现分子育种具有重要意义。

摘要： 本发明公开了一种基于琼脂糖凝胶电泳技术快速检测病毒基因组大小的方法，属于病毒检测技术领域。本发明用于检测基因组大小的试剂盒包括裂解液和上样缓冲液，其原料组分包括：5％十二烷基硫酸钠、0.5M氯化钠、50mM乙二胺四乙酸和6X DNA凝胶上样缓冲染料。采用本发明提供的检测方法省去了现有方法诸多繁琐的步骤，可以获得更为清晰的凝胶成像结果，极大地缩短了检测时间，尤其适用于快速检测细小病毒科病毒基因组的大小。本发明具有重要的应用价值，更符合基因治疗药物开发领域病毒检测和质量控制研究工作的需要。